Safra yolu cerrahisi kapsamında tedavi edilen belli başlı hastalıklar şunlardır:
- Neoplastik olmayan (tümör dışı) hastalıklar
- Selim safra yolu darlıkları
- Safra yolu yaralanmaları (özellikle safra kesesi ameliyatına bağlı)
- Safra kanalı taşları
- Safra yolu kistleri
- Doğumsal anomaliler (biliyer atrezi gibi)
- Neoplastik (tümöral) hastalıklar
- Selim tümörler (polipler)
- Safra yolu kanseri
- Hiler kolanjiyokarsinom (Klatskin tümörü)
- Distal kolanjiyokarsinom
